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大量の生物情報が蓄積された現代において、数ある研究分野の中でもバイオインフォマティクスはとりわけ注目を浴びている研究分野のひとつです。研究対象領域の拡大とともに、本分野に習熟した研究者の需要は今後も膨らみ続けることが予想されています。そんな中、バイオインフォマティクス研究者に求められることのひとつに「正確な知識を背景に如何に研究ツールを思い通りに扱えるか」ということが挙げられます。そこで、本ウェブサイトでは、自身の備忘録を兼ね、バイオインフォマティクス研究に必要な研究ツールの使い方と基本的な統計理論のまとめを行いました。

Table of contents

HOME'バイオインフォマティクス入門' のトップページです。
STATISTICS統計学の基本をまとめました。
PROTEINタンパク質とその周辺について。
TIPS研究に必要なソフトウェアのインストール方法や使用法について。
LINK研究に役立つリンク。

Our computational environment

すべての記事は、特別な記載のない限りルート権限なしの Linux またはルート権限ありの Windows 7 の使用を前提としました。特に、Linux については画面なしのPCクラスター等にインストールされていることを想定しています。現役の研究者は最も広く用いられている OS である Windows が搭載された計算機をターミナルとしてクラスター等の大規模計算システムに大量の計算をさせるという状況が多いと考えたためです。また、ソフトウェアは利用できる場合は64ビット版、それ以外は32ビット版を用いて動作の確認を行いました。

What is bioinformatics?

バイオインフォマティクス (bioinformatics) とは、生物学 (biology) と情報学 (information science) が融合した新たな学問領域です。日本語では生物情報科学や生命情報科学等と訳されることがあります。本学術領域では、これまでの研究で主流であった実験および理論というアプローチとは異なり、計算により問題を解き明かそうとします。ヒトゲノム計画に代表されるゲノム解読を中心にしたゲノム研究と共に発展してきましたが、現在ではゲノム研究のみならずトランスクリプトームやプロテオームさらにはメタボロームやグライコームをはじめとする生物学全体を研究対象として飛躍を続けています。更なる計算資源の増大と、それを上回る速度で爆発的に増加を続ける生物情報の蓄積と共に、よりいっそうの発展が期待される分野ではありますが、今後の課題としては、これまで生物学領域において主役であった実験分野を大量記述や予測を駆使して如何にして先導していけるかどうか、ということが挙げられます。

About loading mathematical formulae

本ウェブサイト中にて使用している数式は可能な限り画像にて表示することを心掛けてはいますが、画像数の増大を防ぐ目的のために一部の項目においてはMathJaxにて数式を表示させています。そのため、一部のブラウザまたはブラウザのバージョンによっては当該ページにおいてブラウザが最大で数十秒間フリーズする可能性がありますのでご注意ください。フリーズは待っていただくことで自然に解決いたします。

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常日頃から掲載情報に対する修正および不足情報のご指摘をいただき、誠にありがとうございます。本ウェブサイトに対するご意見ならびにご要望を歓迎いたします。また、バイオインフォマティクス全般に関するご質問も併せて歓迎いたします。お問い合わせは各ページ右上のお問い合わせのリンクからよろしくお願い致します。

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