バイオインフォマティクス

生命情報学に関する基本的な理論や解析ソフトウェアの使用方法について.

アミノ酸は一文字表記または三文字表記で略記される場合がある.20種類のアミノ酸の並び順 ARND... はアミノ酸を三文字表記にしたときのアルファベット辞書順に由来する.

一文字表記三文字表記
AALA
RARG
NASN
DASP
CCYS
QGLN
EGLU
GGLY
HHIS
IILE
LLEU
KLYS
MMET
FPHE
PPRO
SSER
TTHR
WTRP
YTYR
VVAL

以上の20種類に加え,N (ASN) または D (ASP) を意味する B,Q (GLN) または E (GLU) を意味する Z,I (ILE) または L (LEU) を意味する J が一般に用いられる.X線構造解析等にてタンパク質の構造を決定する際,ASN と ASP または GLN と GLU は似たアミノ酸残基であり区別が難しい場合があり,このような曖昧なアミノ酸を用意する必要がある.これら B や Z の表記は,高解像度でアミノ酸残基を区別できなかった時代の名残といえる.また,システインの硫黄がセレンに置換された分子,セレノシステイン (selenocysteine) や一部の古細菌で産生されるアミノ酸,ピロリシン (pyrrolysine) はそれぞれ U (SEC) と O (PYL) で略記される.それ以外で,これらの範疇に収まらないアミノ酸は X (XXX) で略記される場合が多い.

一文字表記三文字表記
BASX (ASN or ASP, N or D)
ZGLX (GLN or GLU, Q or E)
JXLE (ILE or LEU, I or L)
USEC
OPYL
XXXX
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