バイオインフォマティクス

生命情報学に関する基本的な理論や解析ソフトウェアの使用方法について.

タンパク質には,ドメインとよばれる構造の単位がある.ドメインはさらに構造ドメインと機能ドメインの2つに分類されるが,構造ドメインとはタンパク質立体構造の空間的にまとまった構造のことをいう.1970年代前半,Donald Wetlauferは,タンパク質ドメインとは独自の進化を遂げ,独自の機能を持ち,独自に折り畳まれるコンパクトな構造をであると提案した.しかし,現在では構造ドメインと機能ドメインは必ずしも一致するものではないと考えられており,この基準ではドメインを明確には説明できていない.このように,定義は完全には明確化されていないが,構造ドメインに関しては大体以下のような特徴によって分類するのが慣習となっている.

  1. 全体構造に対して独立であり,密にまとまった構造をとること.
  2. 疎水性コアを1つ以上有すること.
  3. 100-200残基から構成されること.
  4. ドメイン間においては二次構造間の接触が少ないこと.

タンパク質によっては200残基以上の大きなドメインも存在する.また,サイズも多岐に渡るが,各タンパク質が有するドメインの数も多岐に渡る.多くのタンパク質はその構造中に2つ以上のドメインを持つが,そのようなタンパク質をマルチドメインタンパク質という.

Hatena Google+