バイオインフォマティクス

生命情報学に関する基本的な理論や解析ソフトウェアの使用方法について.

フローサイトメーター (flow cytometer) と核酸の染色剤 (PI等) を用いることでゲノムサイズの推定を比較的高速に,かつ簡便に行うことができる.フローサイトメーターは,レーザー照射器と検出器からなる蛍光を利用して細胞を個々に観察するための分析装置である.一方で,PI (Propidium iodide: ヨウ化プロピジウム) はカチオン性の化合物であり,核酸のメジャーグルーブ (主溝) に入り込むことによって赤色の特異的な蛍光を発する蛍光物質である.DNA および RNA ともに結合するため,DNA に着目する際はサンプルを RNasa で処理して RNA を除去しておく必要がある.PI の他には DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole) も核酸の染色剤として用いられる.

染色剤で処理した細胞はそのゲノムサイズに比例して蛍光を発するが,この蛍光強度をあらかじめゲノムサイズが明らかになっている,コントロールゲノム (対照群) が発する蛍光の強度と比較することで,目的ゲノムのサイズを推定することができる.

  1. Hare EE and Johnston JS, Genome size determination using flow cytometry of propidium iodide-stained nuclei, Methods in molecular biology, 772:3-12, 2011
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