バイオインフォマティクス

生命情報学に関する基本的な理論や解析ソフトウェアの使用方法について.

インストール

HMMER は隠れマルコフモデルを用いた,主に配列類似性検索のためのソフトウェアパッケージである.オフィシャルページからソースコードをダウンロードできる.または,以下のように wget でダウンロードする.

$ wget http://selab.janelia.org/software/hmmer3/3.1b2/hmmer-3.1b2.tar.gz

ダウンロードした圧縮ファイル (.tgz) を,ビルドするための任意のディレクトリ ($HOME/build等) に移動させ解凍する.さらに,解凍して出てきたディレクトリに移動する.

$ mkdir $HOME/build
$ mv hmmer-3.1b2.tar.gz $HOME/build
$ cd $HOME/build
$ tar zxvf hmmer-3.1b2.tar.gz
$ cd hmmer-3.1b2

次に,HMMER パッケージをビルドしインストールする.インストールを $HOME/local に行う場合は以下のように打つ.

$ ./configure --prefix=$HOME/local
$ make
$ make install
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