Sequence similarity search

BLASTアミノ酸配列をクエリとしてデータベースを検索、クエリ配列と類似性が高い配列を同定する。配列-配列で検索を行う無印のBLASTやPSSM-配列検索を行うPSI-BLAST、PSSMの構築を高速で行うDELTA-BLAST等が利用可能。
FASTABLAST同様にアミノ酸配列をクエリとした配列類似性検索を行うことができるソフトウェア。Smith-Watermanアルゴリズムを実装したSSEARCHも利用できる。

Multiple sequence alignment

MAFFT日本発のマルチプルアライメントソフトウェア。度肝を抜かれるほど計算速度が速くて正確。様々なアルゴリズムを搭載している。日本科学技術界の宝。
Clustal伝統的なマルチプルアライメントソフト。GUIのClustal-XとCUIのClustal-Wに加えて大量配列を高速に揃えることが可能なClustal Omegaがある。
T-COFFEE元々は複数の配列間の整合性に基づいてマルチプルアライメントを生成するソフトウェア。様々な解析ができるソフトウェアが詰まっている。すごい。

Protein structure prediction

Modellerタンパク質立体構造予測では最もよく使われるモデリングソフトウェア。配列と鋳型構造を入力すると予測構造が返ってくる。
I-TASSERアミノ酸配列をクエリとして、タンパク質立体構造を予測するソフトウェア。サーバーも提供されている。タンパク質立体構造の ab initio な予測法の中では最も優秀なソフトウェアのひとつ。
QUARK上と同様Zhangによる構造予測ソフト。200残基以下のタンパク質用。
PSIPREDタンパク質の配列情報を問い合わせとして、二次構造・ディスオーダー領域等の予測に用いる。

Protein structural analysis

DSSPタンパク質立体構造ファイルを入力に、各残基に二次構造を割り当てるソフトウェア。最も広く使われているソフトウェアのひとつ。
PyMOLタンパク質等のビューアー。簡単な解析もすることができる。使用者も多く、ネット上にtipsがたくさん落ちている。
CCP4結晶学に関わるありとあらゆるソフトウェアが詰まったパッケージ。
Verify3DPDBファイルを入力にその立体構造の妥当性を評価するソフト。
ProFitタンパク質間のRMSDを算出できる。バッチ処理に最適。

Molecular dynamics analysis

Gromacs計算速度が速い。MDを使った最近の論文では一番よく見かけるような気がする。その分、インターネットを通じて得られる情報が豊富。
myPresto日本発のソフトウェアパッケージ。マニュアルも日本語版がある。MDの原理に関する解説も充実している。

Ligand development / analysis

AutoDockリガンドはもちろんのこと、タンパク質も若干フレキシブルなドッキングが可能。
myPrestoMD計算を含めた様々な計算ツールが詰まったソフトウェアパッケージ。Sievgeneというプログラムでドッキングができる。
SuperPredリガンドをクエリにして類似リガンドを検索。その類似リガンドが相互作用するターゲット分子から、問い合わせリガンドが相互作用するターゲット分子を推測する。フェノタイプスクリーニングで得られたリガンドの標的分子を知りたいときに利用する。
ChemMapperSuperPred と同様にリガンドを問い合わせにして類似リガンドを検索した結果から、問い合わせリガンドが相互作用する分子を推測する。
Marvin Beans化合物の描画、化学式の編集に最適なソフト。アカデミックライセンスのみ無料。
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