荷電アミノ酸

20種類のアミノ酸の中で、生体条件下において電荷を有するものがある.D (アスパラギン酸),E (グルタミン酸),R (アルギニン),K (リジン)の4つである.これらの DERK の4つは、さらにふたつのグループ,すなわち,酸性アミノ酸と塩基性アミノ酸のふたつに分類される.D と E は酸性アミノ酸であり,生体条件下ではマイナスに荷電する.一方で,R と K は塩基性アミノ酸であり、生体条件下ではプラスに荷電する。特に R の絶対電荷は20種類のアミノ酸の中で最も大きい.これらふたつの塩基性アミノ酸は正電荷であるため,生体内で負電荷を帯びる核酸 (DNA および RNA) と結合し易い.ただし,これら DERK の4つが荷電して,このように塩基性と酸性に分割されるのは,生体内の中性条件下に限定される.なお,H (ヒスチジン) を塩基性アミノ酸に分類することもある.

Charged amino acidDescription
D(アスパラギン酸)酸性アミノ酸 (負電荷)
E(グルタミン酸)酸性アミノ酸 (負電荷)
R(アルギニン)塩基性アミノ酸 (正電荷)
K(リジン)塩基性アミノ酸 (正電荷)

タンパク質立体構造 (.pdb) の表面電荷の可視化の方法は PyMOL を使うことで簡単にできる.

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