二次構造の表記

アミノ酸を一文字で表記するのと同様、二次構造も一文字で表記することがある。二次構造をαヘリックス、βストランド、コイルの3種類に分けた場合は以下の3つになる。

AbbreviationFormal representation
Hαヘリックス
Eβストランド
Cコイル

その他に、有名な二次構造計算ソフトウェアであるDSSPによる分類も重要である。DSSPでは二次構造を8種類に分類している。

AbbreviationFormal representation
Hαヘリックス
Bβブリッジ
Eβラダー
G3/10ヘリックス
Iπヘリックス
Tターン
Sベンド
Cコイル(その他)

これらを最初の3つの表記に分けると、G, H, Iが最初の表のHに、EおよびBが最初の表のEに、それ以外のT, S, Cが最初の表のCに対応する。

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