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STATISTICS

The elements

用いられる変数の整理代表値のいろいろ平均・期待値
分散・標準偏差分散と期待値平均偏差
四分位偏差期待値の加法性期待値および分散の周辺公式
標準化チェビシェフの不等式チェビシェフの不等式の証明
正規分布の再生性区間推定式のまとめ二変量統計のまとめ
t検定の繰り返しについて母分散の推定パラメトリック
エントロピー歪度と尖度モーメント
モーメント母関数確率密度関数と確率質量関数ベータ関数とガンマ関数
確率変数の変換基本的な定理

Probability distributions

離散一様分布超幾何分布二項分布
ポアソン分布幾何分布負の二項分布
ベルヌーイ分布連続一様分布ベータ分布と一様分布
正規分布対数正規分布F分布
指数分布t分布ガンマ分布
カイ二乗分布ガンマ分布とカイ二乗分布ベータ分布
グンベル極値分布パレート分布ワイブル分布

Statistical tests

バートレット検定ルビーン検定ハートレイ検定
カイ二乗検定F検定フィッシャーの直接確率検定
スチューデントのt検定対応のあるt検定ウェルチのt検定
ウィルコクソンの順位和検定ウィルコクソンの符号順位検定一元配置分散分析

Analysis with R

コルモゴロフ・スミルノフ検定シャピロ・ウィルク検定ジャック・ベラ検定
バートレット検定ルビーン検定ハートレイ検定
F検定カイ二乗検定フィッシャーの直接確率検定
一元配置分散分析対応のないt検定対応のあるt検定
クラスカル・ウォリス検定ウィルコクソンの順位和検定ウィルコクソンの符号順位検定
チューキー・クレーマー検定ダネット検定ウィリアムズ検定

PROTEIN

The elements

タンパク質プロテオームアミノ酸の表記
長さの単位荷電アミノ酸アミド結合とペプチド結合
アポ体とホロ体アンフィンゼンのドグマGPCR
タンパク質中の重原子ベン図によるアミノ酸の分類リポソーム

Structure

階層的構造三次構造タンパク質構造ドメイン
二次構造の表記立体構造とプロリン天然変性構造

Analysis method

マルチプルアライメント低複雑度領域のフィルタリングフェノタイプスクリーニング
スキャホールドホッピングゲノムサイズの推定配列一致率
配列間距離

TIPS

Bash

PATHの通し方パイプについてディレクトリの移動
ファイルの移動・コピーファイルの中身を見るファイルの検索
文字列の検索現在のパスの確認ディスク容量の表示
ディレクトリサイズの表示ダウンロードターミナルへのTabの挿入
文字列の置換解凍・圧縮ソート
指定カラムの抜き出し選択肢の選択 (echo)偶数行・奇数行の抽出
ファイルの参照パスワードの設定文字コードの変換標準出力からの引数の作成
プロンプトの表記の設定秘密鍵・公開鍵の生成ファイル等の存在確認
シェル関数繰り返し処理グリッドエンジン

R

インストール (Linux)インストール (Windows)Rguiの初期設定
パッケージの追加ディレクトリ情報の表示変数の表示
ファイルへの出力データフレームの作成変数によるデータへのアクセス
コマンドラインからの実行座標軸の原点での交差PNGのアンチエイリアス処理
外部プログラムの実行描画全般ファイル操作全般
行列の累乗主成分分析主成分スコアからのデータの逆算
棒グラフベン図箱ひげ図
ヒストグラム二次元カーネル密度推定三次元カーネル密度推定
サポートベクターマシン解析基本操作全般階層的クラスタリング
コルモゴロフ・スミルノフ検定シャピロ・ウィルク検定ジャック・ベラ検定
バートレット検定ルビーン検定ハートレイ検定
F検定カイ二乗検定フィッシャーの直接確率検定
一元配置分散分析対応のないt検定対応のあるt検定
クラスカル・ウォリス検定ウィルコクソンの順位和検定ウィルコクソンの符号順位検定
チューキー・クレーマー検定ダネット検定ウィリアムズ検定

C++

GCCのインストールファイルの入出力外部プログラム等の実行
コマンドライン引数の取得配列の取り扱い文字列の初期化
Boostのインストールリファレンス構造体
文字列の処理

Perl

cpanmのインストールモジュールサーチパスの確認cpanmの使い方
インストールモジュールの確認行列の扱い四捨五入
配列のリセット・再初期化ハッシュの生成改行コードの削除
複数行の出力書式付き出力ファイル等の存在確認
基本統計量の計算環境変数の取り扱いディレクトリの移動
コマンドライン引数の取得

PyMOL

インストール (Windows)スクリプトについて部分構造の切り出し
結晶コンタクトの生成表面電荷の色分けオブジェクトの移動
N末端・C末端の修飾RMSDの計算単位胞の表示
指定残基の色付けオブジェクトの色の設定指定残基の周辺残基の選択

Gnuplot

インストール (Windows)読み方フォントの変更
軸ラベルの設定目盛り間隔調整三次元空間図のZ軸位置の修正
二次元散布図三次元散布図四次元散布図
色彩テーブルの変更グラフ上への任意の点のプロットギリシャ文字の入力
スクリプトの読み込み三項演算子目盛間隔の均等化
連番ファイルの読み込み

LIBSVM

インストール (Linux)パッケージ内容データフォーマット
LIBSVMによる機械学習の手順最適化パラメーターについて

Chainer

Pythonの使い方Numpyの使い方

Other

SSEARCHの使い方EMBOSSのインストールCD-HITのインストール
PSI-CD-HITのエラーの修正CD-HITの使い方ProFit
PIRフォーマットBLASTパッケージのインストールBLASTデータベースの作り方
DELTA-BLASTの使い方RPS-BLASTの使い方MSAからのPSSM作成法
GIMPのインストール論文投稿用画像の作成シーケンスフォーマットの変換
Gromacsの使い方概要LaTeXのインストールHMMERパッケージのインストール

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